按照"高效、精干"的原则，研究所设有第一、第二、第三研究室、实验室、经销部和科研管理室，建立了细胞工程、基因工程、土壤肥料分析、种子质量检验和纤维品质测试等实验室，配备了先进的实验仪器设备，购置了占地1公顷的西班牙现代化人工气候室，并在北疆石河子地区和南疆阿克苏地区分别建立了彩棉试验研究基地，在海南三亚建立南繁基地，为开展生物技术和常规育种研究奠定了良好的基础。