研究所采用自主研究、联合攻关、委托研究等多种形式，承担着国家、自治区及乌鲁木齐市、乌鲁木齐高新区科技攻关项目10余项，通过多年的科技攻关，彩棉科研开发水平已跃居国内外领先地位。目前，已取得的主要科技成果有：
　　·已拥有经省级审定、命名的新彩棉1号、新彩棉2号、新彩棉3号、新彩棉4号等四个彩棉新品种，率先填补了国内彩棉品种无审定、命名的空白，为大面积种植彩棉奠定了基础。
　　·在全国率先由公司参与起草、并由自治区质量技术监督局制定、颁布的《天然彩色细绒棉》地方标准，填补了国内无彩色棉地方标准的空白；并经国家标准委批准立项，该标准已提升为国家标准。
　　·被专家评审为国际先进水平的"天然彩棉新品种选育及其产业化"科技成果，荣获2002年度自治区科技进步一等奖。
　　·"新彩棉1号、新彩棉2号彩棉品种分子标记建立研究"项目，已通过国内同行专家鉴定，认为该成果应用价值很高，经济和社会效益大，达到国际先进水平。
　　·2003年2月，公司自育品系"白9805"通过自治区审定，并命名为新陆中18号，该品种是一个抗病、优质、高产的陆地棉新品种。
　　·"彩棉纤维中特异表达启动子克隆研究"课题，已克隆到棉纤维特异表达的启动子，找到了对彩棉纤维进行品质和色泽改良的分子"开关"，该项研究为国内首创，正待进行成果鉴定。
　　·自治区科技攻关项目"抗棉蚜、棉铃虫双价基因转育彩棉品种研究"课题已经农业部批准，认为该转基因生物安全等级为1级，同意进行中间试验，并经自治区专家组验收通过。
　　·国家技术创新基金"新疆彩棉抗真菌转基因育种"项目，获得了可稳定遗传、农艺性状优良的抗病品系。该项目已通过国家科技部组织的同行专家验收，一致认为该项目超额完成了合同任务。